un outil complet, intégré et rapide

Démarré en 2013 pour une durée de 2 ans, ce projet a été sélecti
onné dans le cadre de l’appel à projets LifeGrid 2012 et reçoit une aide financière du Conseil Régional d’Auvergne et du Feder.

Les enjeux

L’amélioration des plantes est de plus en plus confrontée aux
grands volumes de données qu’il faut traiter rapidement et efficacement, notamment suite aux développements récents de techniques de génotypage et de séquençage haut débit.
Les sélectionneurs ont besoin d’un logiciel intégré, à la fois souple, puissant et facile d’utilisation. Les importants volumes de données doivent pouvoir être analysés dans les meilleurs délais et avec un minimum d’intervention de la part des utilisateurs.

Les objectifs

Le projet, porté par Limagrain Europe, vise à développer un outil intégré, doté d’une interface graphique conviviale qui permettra de réaliser toutes les opérations nécessaires pour mener à bien un programme de Sélection Assistée par Marqueurs (SAM).

L’outil permettra l’extraction de données des bases de données et un formatage automatique évitant ainsi la manipulation de fichiers et reformatages manuels, fastidieux et sujets aux erreurs. Il proposera un contrôle qualité assurant ainsi l’élimination automatique de données aberrantes et la prise en compte des données vérifiées et fiables uniquement pour la construction de modèles statistiques

Il permettra l’élaboration du modèle statistique prédictif de la valeur du
phénotype des individus (végétaux) sur la base de leur profil génétique
révélé par des marqueurs moléculaires. L’outils pourra évaluer les individus
in silico, afin d’estimer leurs valeurs phénotypiques pour plusieurs caractères d’intérêt agronomique (qualité, résistance aux maladies, rendement...) uniquement
sur la base d’analyses ADN donc sans l’expérimentation au champ, coûteuse et longue à mettre en place.
Par conséquent, un nombre beaucoup plus élevé d’individus pourra être
évalué très rapidement. Enfin, l’outil comprendra la prédiction de la valeur
de croisements, permettant d’estimer la valeur espérée d’un croisement
sans avoir à le réaliser et à l’évaluer au champ.

Les apports

L’outil développé dans le cadre de ce projet sera immédiatement mis à disposition de l’ensemble des chercheurs Limagrain et notamment des sélectionneurs qui sont responsables de la création variétale.
Afin de maximiser le progrès génétique, les sélectionneurs doivent agir très vite afin de profiter de générations en contre-saison ou en serre, ainsi, l’existence d’un outil complet, intégré et rapide est un facteur clé du succès des programmes d’amélioration des plantes.

Durée
2 ANS
Budget
NC
Financement
Conseil Régional d'Auvergne ; FEDER